Paganijeva skoro 30-godišnja istorija proizvela je samo dva modela, ali kroz svoj životni vijek često su se transformisala u sve vrelije i vrelije varijante. Takva sudbina zadesila je Zondu, a sada i Huayra model koji je dobio R oznaku što u prevodu znači vrhunski superautomobil rezervizan za stazu. Iako se na prvi pogled ne razlikuje znatno od standardne Huayre, R izdanje donosi mnoštvo jedinstvenih karakteristika, uključujući i prilagođeni atmosferski V12 motor. Pagani svoje motore nabavlja od Mercedesa, koji italijanskom proizvođaču automobila isporučuje 6,0-litarske V12 motore.

Ipak, Pagani je za potrebe Huayre R‚trebao nešto posebno, pa su se udružili sa HWA AG, Mercedesovom trkačkom podružnicom, kako bi dizajnirao i izradio motor po mjeri. Rezultat je snažna mašina koja proizvodi 850 KS uz obrtni moment od 750 Nm. Snaga je dostupna na 9,000 obrtaja, što bi trebalo da rezultira sa brutalnim zvukom iz izduvnih cijevi. Kompanija tvrdi da će Huayra R zvučati poput automobila Formule 1 iz prošlosti. Koliko je Huayra R namijenjen za stazu i velike brzine potvrđuje i podatak da automobil stvara 1,000 kilograma potisne sile pri brzini od 320 km/h, a ukupna masa vozila iznosi samo 1,050 kg.

Pagani planira da proizvede samo 30 primjeraka Huayre R, od kojih svaki košta 2,6 miliona eura, plus porez. Beez obzira na cijenu, nema sumnje da će automobil privući istinske zaljubljenike i kolekcionare koji na ovaj način dobijaju čudesan komad automobilskog inženjerstva.