Stručnjaci Euro NCAP-a posebno su pohvalili paket modela Citigo kojeg čine zaštita za putnike i djecu, zaštita pješaka i najsavremenija oprema sistema sigurnosti i pomoći kod vožnje. Citigo je zajedno s Volkswagenom up! i Seatom Mii najmanji automobil koji je ikada dobio najveću Euro NCAP ocjenu – pet zvjezdica.„Izvanrednih pet zvjezdica predstavlja potvrdu za visoki nivo sigurnosti modela Citigo “, izjavio je dr ing Eckhard Scholz, Škodin član Uprave zadužen za razvoj. „Naši stručnjaci za razvoj naopravili su izvanredan posao i dokazali da je bezkompromisna sigurnost moguća i u segmentu malih vozila. Maksimalna ocjena stručnjaka Euro NCAP-a zaslužena je nagrada za maksimalan trud.“

Po pitanju zaštite putnika Citigo je pobrao vrhunske rezultate: proveden je čitav niz testova koji uključuju frontalni, stražnji i bočni sudar, udar u stup i procjenu opasnosti od trzajne povrede vratne kičme u slučaju stražnjeg sudara. Maksimalan broj bodova ŠKODA je dobila i za sigurnost najmlađih putnika, čemu ovaj češki brend uvijek posvećuje ogromnu pažnju.

Citigo se pokazao impresivnim i u području sigurnosne opreme. Euro NCAP je u tom smislu posebno pohvalio serijske podsjetnike na sigurnosni pojas za sve putnike, kao i isto tako serijski elektronski sistem stabilnosti vožnje ESP. Odličnom ocjenom nagrađen je i serijski zračni jastuk za zaštitu područja glave i grudnog koša.Citigo sadrži cijeli paket zaštite po najvišim kriterijima. Tako je Citigo zajedno sa svojom braćom, Volkswagenovim modelom up! i Seatovim Mii,  jedinstven automobil u klasi zahvaljujući svom sistemu automatskog kočenja u gradskoj vožnji: u opciji dostupan   sistem „City Safe Drive“reaguje pri brzinama do 30 km/h, tako što u kritičnim situacijama automatski koristi kočnice i smanjuje moment motora.