Briga kompanije Škoda Auto za sigurnost svojih vozila je oduvijek bila prioritet i ima dugu tradiciju. Prije 50 godina, Škoda 100 L  bila je prvi model u tadašnjoj Čehoslovačkoj na kojem je izvršen dokumentirani test sudara. Škoda sada upravlja najsavremenijom laboratorijom za testiranje sudara na poligonu Úhelnice kod Mlade Boleslav kojeg je stručni časopis Automotive Testing Technology International proglasio najboljom Laboratorijom za testiranje sudara u 2020. godini. Rezultati Euro NCAP referentnog testa i Global NCAP testa za sigurnost sudara potvrđuju uspjeh češkog proizvođača automobila u ovoj oblasti: od 2008. godine svih 15 novopredstavljenih Škoda modela dobilo je najvišu ocjenu od pet zvjezdica. U 2021. godini, modeli Fabia i Enyaq iV su nagrađeni kao najsigurnija vozila u svojim klasama.

Johannes Neft, član Upravnog odbora Škoda Auto za tehnički razvoj, ističe: "U kompaniji Škoda doprinosimo tehničkom razvoju kako bismo dosljedno povećavali aktivnu i pasivnu bezbjednost naših vozila. Naši modeli već u osnovnoj opremi nude brojne sisteme asistencije koji su inače dostupni samo u vozilima viših klasa. Istovremeno, naša najsavremenija laboratorija za testiranje sudara Polygon Úhelnice nudi optimalne uslove za sveobuhvatno testiranje bezbjednosti naših modela. Na ovaj način već u veoma ranoj fazi naše rezultate možemo uključiti u razvoj vozila. Najviša ocjena od pet zvjezdica u NCAP referentnom testu i u globalnom NCAP testu za bezbjednost sudara za svih 15 testiranih Škoda modela od 2008. godine je zaista veliki uspjeh.“

U posljednjoj testnoj 2021. godini, Škoda Fabia i Enyaq iV bili su najsigurnija vozila u svojoj klasi na Euro NCAP testu. Evropski program za procjenu novih automobila je program kojeg su 1997. godine osnovala ministarstva saobraćaja, automobilski klubovi, osiguravajuća udruženja i istraživački instituti iz osam evropskih zemalja. Ovaj konzorcijum sprovodi testove sudara sa aktuelnim modelima vozila i procenjuje njihovu aktivnu i pasivnu bezbjednost, kao i bezbjednost spašavanja i oporavka. Najvažniji dio testnog programa je test frontalnog udara, za koji se Škoda Auto intenzivno priprema uz pomoć sveobuhvatnih simulacija. Prvi glineni modeli novih vozila skeniraju se na osnovu čega se kreiraju prvi digitalni nacrti vozila. Nakon što je dizajn završen, cijelo vozilo se kreira u računaru. Koristeći simulacijske modele, svi uslovi opterećenja mogu se praktično testirati, a relevantna svojstva vozila kao što su krutost, čvrstoća, ponašanje u slučaju sudara ili trajnost i akustika mogu se optimizovati.